7 Oct 2012

La famosa Xiuhcoatl y el desconocimiento general del computo

La computadora, ese bendito aparato que en muchas areas se ha convertido en una caja negra.
Que hace? No muchos lo saben.
Como lo hace? Muchos menos lo saben
Entonces que es Xiuhcoatl, que hace, como lo hace y para que nos sirve? Las respuestas son simples:
Que es? Es una computadora enorme, la mas poderosa del pais, la segunda mas poderosa de america latina.
Que hace? La pregunta real deberia ser "Que no hace"
Como lo hace? Con su maravillosa arquitectura: por principio de cuentas tiene procesadores intel, AMD y GPUs NVIDIA, segundo, la instalacion de cableado y la estructura de comunicacion entre clusters, tercero, la utilizacion de un sistema operativo Linux, cuarto, la presencia de muchos compiladores que permiten construir programas desde scratch, acoplando desde el programa mas sencillo hasta el mas complejo en la arquitectura antes mencionada, quinto (ultimo pero no por ello menos importante), el personal de apoyo que no solamente estuvo a cargo de la construccion del cluster, sino que tambien tiene conocimiento vasto acerca de lo que ocurre dentro del cluster, y como si eso no bastara, instruye a los usuarios externos para utilizar este clustersote.
Para que sirve? Sirve para lo que uno quiere que sirva, aqui es donde entra la principal polemica acerca del uso del cluster. Quien la puede ocupar? Que haria un usuario comun y corriente con una computadora de este calibre? Si ustedes piensan en un quimico teorico, en un fisico teorico o en un matematico, la solucion es simple, usan la maquina para hacer miles de millones de simulaciones que despues de un filtrado, tratamiento estadistico y posterior analisis, devendran en un resultado que a la humanidad le interese saber. Estructuras moleculares, dinamica de particulas, campos magneticos, series de numeros que antes uno solo podia imaginar. Pero y el area biologica? Lamentablemente aqui no hay grises, o es blanco o negro, o sabes bioinformatica en serio (no biologia computacional) y por ende puedes usar el cluster, o no sabes bioinformatica y no deberias usar el cluster. Aqui una ramificacion mas: Por que la gente en el area biologica no sabe bioinformatica, quiza pasa lo mismo que con el RNA o las Proteinas, el trabajo con este tipo de moleculas esta lleno de mitos, "Que si no le rezas a sabra dios que santo, se te degrada tu RNA", "Que si no orientas tu camara hacia la meca, tu gel no correra", "Que no debes ni de mirar tu muestra porque se contamina", etc, y hasta que no trabajas con estas moleculas es que te das cuenta que muchos de los mitos son solo eso, mitos. Volviendo a la bioinformatica, ocurre exactamente lo mismo, hasta que no le das la oportunidad a una terminal de demostrarte que en realidad es sencillo, nunca perderas el miedo a trabajar bioinformatica. En efecto cualquiera puede teclear NCBI BLAST en google, hacer una busqueda (no analisis) y obtener un resultado, pero tambien cualquiera puede escribir unas lineas de codigo y automatizar un proceso, o mejorarlo, o revolucionarlo. En fin, estamos acostumbrados a escribir, y mucho de la bioinformatica radica en ello, escribir, escribir y escribir. Por que no lo hacemos? Quiza porque de entrada no dominamos del todo nuestro propio idioma (basta ver este blog sin un condenado acento), luego, nos ensenan que el siguiente lenguaje que debemos aprender es el Ingles o Frances o Aleman o Ruso o Chino, dependiendo si piensas publicar, o escribir, o meterte en la tecnologia, o abrirte al conocimiento oculto (por no decir "ser cientifico hipster"), o darle a los negocios, respectivamente. Con todo lo anterior, BaSH, Perl, AWK, Java, C, C++, PHP, ruby, quedan como aquellos lenguajes que aunque estan en continuo desarrollo, nosotros ni por enterados. El mensaje global despues de tanta palabreria es el siguiente: "Si no tienen miedo de aprender otro idioma (Ingles, Frances, Aleman, Ruso, Chino), no teman entrarle al mundo de la programacion, se trata de linguistica, si bien los idiomas mencionados anteriormente te abren muchas puertas, los lenguajes computacionales te abren otras tantas, y al ser idiomas, requieren de los mismos cuidados, practicas, pero ante todo, no hay que temerles, y de igual manera, no sirve de nada saber cierto idioma, si no se practica y si no se aplica a lo que uno hace"
Piensenlo, la verdad la programacion es mucho menos fria de lo que muchos creen, pone a prueba tu inteligencia, creatividad, simplicidad y hasta la estetica.

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